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La biodiversité est un des thèmes phares de l'agence. Depuis 2011, Alterre a accompagné le conseil régional et la DREAL dans leur réflexion et le déploiement de la Stratégie régionale pour la biodiversité, articulée avec le schéma régional de cohérence écologique (SRCE). Outil de la SRB, l'Observatoire de la biodiversité est coordonné, depuis sa création, par l'agence.
Alterre anime également le réseau Bocag'haies de Bourgogne-Franche-Comté, contribuant à renforcer la prise en compte et la valorisation du patrimoine naturel dans les territoires bourguignons-francs-comtois.
Enfin, l'agence mène des actions de prospective sur les questions de capital naturel, d'empreinte écologique, de liens entre économie et services écosystémiques, sur lesquelles elle vise à améliorer la prise de conscience et à enrichir les connaissances.