Ce rapport de stage a été réalisé par Lisa Chênerie, étudiante à AgroParisTech, dans le cadre d'un stage effectué au sein du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation. 

 Le travail présenté dans ce rapport vise à faire une compilation de connaissances sur les filières agricoles en général (acteurs, organisation) et les actions envisageables sur ces filières pour la reconquête de la qualité de l’eau des captages vis-à-vis des pollutions diffuses (nitrates et pesticides), ainsi que le lancement d'un appel à manifestation d'intérêt (AMI) national sur « agriculture, filière et captages » dans le but « d'identifier des projets intéressants » et les mécanismes de financement déjà existants. Les filières ciblées sont à la fois les filières de production en elles-mêmes mais aussi les secteurs amont (conseil, agro-fourniture) et aval (transformation, commercialisation) à la production agricole.

Après une courte description de ce qu’est une filière et des acteurs qui la composent, ce rapport tentera donc de répondre à plusieurs interrogations : Quels freins à la convergence des ambitions de développement économique de filières et de protection de la ressource en eau existent au sein des territoires ? Quelles filières compatibles avec la protection de l'eau peuvent être développées sur les AAC ? Quelles structures semblent les plus appropriées pour ces filières ? Quels outils les acteurs publics peuvent-ils mobiliser pour aider à la structuration de ces filières ?

Ce travail s’est appuyé sur une analyse de la littérature existante, tant sur les filières que sur les démarches de protection des ressources, ainsi que sur des études de cas en Bretagne, en Bourgogne-Franche-Comté, dans les Hauts-de-France ou encore en Nouvelle-Aquitaine.