La direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (DRAAF) Bourgogne Franche-Comté est issue de la fusion des DRAAF de Bourgogne et de Franche-Comté au 1er janvier 2016. Cette fusion s'inscrit dans la réorganisation de l'ensemble des services régionaux de l'État qu'implique la création des nouvelles grandes régions, collectivités territoriales.
Ainsi, l'État se met en situation, auprès des nouvelles régions, pour porter les grandes politiques publiques sur l'ensemble du territoire.
La DRAAF est le service du ministère chargé de l'agriculture dans la région.
Elle est anime et pilote les politiques publiques dans les domaines suivants : économie agricole, développement rural, enseignement et développement agricoles, forêt et bois, alimentation, emploi agricole... Le directeur régional exerce ces missions sous l'autorité du préfet de région, sauf pour deux domaines pour lesquels il a une délégation directe du ministre en charge de l'agriculture : l'enseignement agricole pour lequel le DRAAF est l'autorité académique et les statistiques agricoles.
L'établissement public FranceAgriMer, dont le service régional est intégré à la DRAAF, exerce des missions relatives à l'application de la politique communautaire relative aux différentes filières agricoles, au renforcement de leur efficacité économique, à l'amélioration de la connaissance des marchés et à au développement de débouchés.
L'ensemble des ces politiques sont ensuite relayées dans les départements par les directions départementales des territoires (DDT), les directions départementales -de la cohésion sociale et- de la protection des population (DD-CS-PP), les établissements d'enseignement agricole.
